历代医家针药并举，身兼二能，使针药互为补充，成为有机一体。从临床来看待这一问题十分有益，但在理论上把二者混为一谈则造成了中医基础理论的极大混乱。
　　两种学术体系各有源流
　　根据上古医学演变的文献史料，第一，从伏羲制九针的传说到总结完成《黄帝针经》，发展为后来的《灵枢经》。第二，由神农尝百草的传说到总结完成《神农本草经》，发展为后来的伊尹《汤液经法》。从史籍可推其传承者，华佗为针经一脉，仲景属汤液一支。到了两晋时代，皇甫谧总结了汉以前的针灸成就著成《针灸甲乙经》十二卷，王叔和整理编撰了仲景遗论《伤寒杂病论》十六卷。上述两种学术流派的传承授受，周秦至两汉之际，尚有可推见者，魏晋以后，医家的传授世次虽然中断，但简编缀辑者大有人在，使针药得以延续和发展。至宋元以后，针药出现交错融合，理论体系混同为一，不同的学术流派涌现出来，中医药进入了战国时代。
　　两种学术体系基本理论的渊源
　　中医理论是古代哲学与医疗实践相结合的产物。阴阳学说是中医理论的哲学基础。《内经·阴阳应象大论》说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，生杀之本始，神明之府也，治病当求其本”。中医学离开了阴阳学说，其理论就不复存在。
　　1.经络学说体系的形成。从《足臂十一脉灸经》到《内经》中的十二经脉，三阴三阳起到了促进、规范和完善的作用，这是医学在理论上的一次质的飞跃。自此，三阴三阳作为手足十二经脉的代名词广泛应用于人体的解剖、生理、病理、证候、诊断、治疗、养生等各个领域，这在当时医学界成为一种时尚和定理。然而，经络学说最具实用价值和指导意义的还是针灸治疗体系。
　　2.汤方辨证体系的形成。从单味药到复方治病经历了一个漫长过程，并且没有成熟理论作指导，完全停留在经验医学阶段，相对于针灸治疗理论上显得就要落后许多。然而，面对大量的瘟疫流行，以经络学说指导的针灸又显得无能为力，《素问·热论》就是一个极好的证明。药物治疗在不断的反复实践过程中积累了丰富的经验，造就了许多身怀绝技的经方大家，《汉书·艺文志》就记载有经方十一家。东汉末年，张仲景在广泛吸收前人经方经验的同时，经过自身的反复实践，把凌乱无章的方证归纳入一个崭新的辨证论治体系之中，完成了《伤寒杂病论》。自此，方药治病从感性经验一跃而上升为系统化的理论规范。
　　《伤寒论》虽然仍采用了三阴三阳的哲学思辨框架，但他完全从经络学说中摆脱出来。他以三部定位划分表证、里证、表里证，以六时辨病区分发热类型，以六证分型鉴别寒热虚实，以脉证单复来定论治方药。
　　三阴三阳在经络学说和汤方辨证中名同实异
　　手足十二经脉分别以三阴三阳来命名，它们是肺手太阴之脉、大肠手阳明之脉、胃足阳明之脉、脾足太阴之脉、心手少阴之脉、小肠手太阳之脉、膀胱足太阳之脉、肾足少阴之脉、心主手厥阴心包络之脉、三焦手少阳之脉、胆足少阴之脉、肝足厥阴之脉。
　　汤方辨证的三阴三阳是用来区分病时、病位、病性的。三阳主昼，三阴主夜；太阳、厥阴主表，阳明、太阴主里，少阳、少阴主半表半里；三阳主热实证，三阴主虚寒证。经络的三阴三阳和辨证的三阴三阳一个是为针灸治疗服务，一个是为汤方治疗服务，决不可因名称相似而混为一谈。
　　后世医家均未突破《伤寒论》三阴三阳辨证体系
　　1.河间学派的代表人物刘完素、张从正、朱震亨分别从火热论、攻邪论、养阴论三个方面丰富和发展了三阳证的辨证论治内容，补充了太阳阳明合证的表里双解剂防风通圣散、双解散等一批有效方剂。
　　2.易水学派对三阴证的继承和发展做出了贡献。李杲发明的补中益气汤、调中益胃汤等对少阴太阴合证有很好的发挥。王好古对三阴证进行了总结和概括，第一个提出了当归四逆汤是厥阴证的主方。张介宾在六味丸、八味丸的基础上发明了左归、右归等方剂，丰富和发展了少阴少阳合证的治疗方法。
　　3.温病学派在温热论的基础上，通过明清两代许多医家努力，叶天士进一步完善和发展了少阳证营血分的论治，创立了如清瘟败毒饮、紫雪丹、牛黄安宫丸等一大批行之有效的方剂；薛生白提出了湿热论，发明了许多三阴三阳合证方，如太阳太阴合证的藿香正气散、少阳太阴合证的白虎加苍术汤等；吴鞠通修正和补充了温病后期阳证向阴证转化的治疗方法，如增液承气汤、大小定风珠等。
　　统观后世医家的发展，都是对《伤寒论》辨证论治体系的补充和完善，发挥和提高。寒温之争不应该再持续下去了，只有把各家统一起来，才是一个完整的、系统的、全面的汤方辨证论治体系。